وقعت الجامعة الاسلامية اتفاقية تعاون مع جامعة اسطنبول أيدن في تركيا وذلك بتاريخ 25/6/2011 م واشتملت الاتفاقية على مجالات التعاون التالية :

 1- تبادل طلابي بين الجامعتين
 2- تسهيل قبول الطلبة للدراسة
 3- اعتماد المساقات والدرجات التي يحصل عليها الطلاب في أي من الجامعتين
 4-برامج الدراسة في الخارج خلال الصيف
 5-تبادل اعضاء من الهيئة الأكاديمية بين الكليات في الجامعتين لمدة قصيرة وزيارات طويلة المدى
 6-التعاون في مشاريع البحث وعقد مؤتمرات ومحاضرات مشتركة
7- مشاريع مشتركة ثنائية لمنح الدرجة العلمية لبرامج البكالوريوس والدراسات العليا والقيام بمشاريع تنموية لتحقيق هذا الهدف
وتبقى هذه الاتفاقية فعالة لمدة خمس سنوات قابلة للتجديد

تم توقيع الاتفاقية بتاريخ 16/2/2012 بين الجامعة الاسلامية و جامعة قناة السويس في مصر خدمة لدور الجامعات في الارتقاء بالمجتمعات و تنويرها, وقد تم وضع الاطار العام للتعاون بين المؤسستين متمثلا في البنود التالية:

1.تقديم كافة التسهيلات للطلبة للتنقل بين الجامعتين
 2- تبادل الوفود الطلابية و الاكاديمية.
 3- الاشراف المشترك و المتبادل على رسائل الماجستير
 4- اجراء نشاطات بحثية و تعليمية مشتركة بين الجامعتين.
5- تبادل الدوريات و المطبوعات و الكتب والمراجع في كلتا الجامعتين.
 
وتسري هذه الاتفاقية لمدة ثلاث سنوات من تاريخ توقيعها

تم توقيع اتفاقية بين الجامعة الاسلامية و جامعة دجلة بتركيا بتاريخ 17/2/2012. تهدف هذه الاتفاقية الى وضع اطار علمي مؤسسي لتنظيم التعاون بين الجامعتين , وقد تم الاتفاق على البنود التالية كاساس لبدأ التعاون المشترك:
 1- تسهيل اجراءات الطلبة المبتعثين بين الجامعتين
 2- تبادل الوفود الطلابية و الاكاديمية.
 3- الاشراف المشترك و المتبادل على رسائل الماجستير
 4- اجراء نشاطات بحثية و تعليمية مشتركة بين الجامعتين.
 5- تبادل الدوريات و المطبوعات و الكتب والمراجع في كلتا الجامعتين.
 6- تقوم الجامعة الاسلامية بالمساهمة في تطوير برامج دراسية لتعليم اللغة العربية و الدراسات الاسلامية في جامعة دجلة
 7- اعداد برنامج مشترك لتعليم اللغة التركية في الجامعة الاسلامية
 
وتسري هذه الاتفاقية لمدة ثلاث سنوات من تاريخ توقيعها

تم توقيع الاتفاقية بتاريخ 6/10/2011 بين الجامعة الاسلامية و جامعة اليرموك في الاردن. تهدف هذه الإتفاقية الى وضع إطار لمستقبل التعاون العلمي و التكنولوجي والثقافي بين الجامعة الاسلامية و جامعة اليرموك وذلك البنود التالية :
1- تطوير ونقل التعليم والثقافة على المستوى العام بين المؤسستين .
2- تبادل الوفود الطلابية و الاكاديمية .
3- الاشراف المشترك و المتبادل على رسائل الماجستير
4- اجراء نشاطات بحثية و تعليمية مشتركة بين الجامعتين .
5- تبادل الدوريات و المطبوعات و الكتب والمراجع في كلتا الجامعتين .
وتسري هذه الاتفاقية لمدة ثلاث سنوات من تاريخ توقيعها .

وقعت الجامعة الاسلامية و جامعة الشرق الادنى اتفاقية تعاون اكاديمي بتاريخ 8/2/2010, تهدف هذه الاتفاقية لتعزيز التفاهم الدولي و التعاون الاكاديمي بين الجامعتين و التبادل الثقافي عبر دعم النشاطات الثقافية و التعليمية المشتركة , فيما يليل تلخيص لاهم بنود التعاون المشترك بين الجامعتين:
 

تعتبر بنود هذه الاتفاقية قابلة للتنفيذ خلال مدة زمنية مقدارها 5 سنوات من تاريخ تفعيل الاتفاقية.

وقعت كلية التمريض بالجامعة الإسلامية اتفاقية تعاون مع جامعة أنجيل أروسكن البريطانية بتاريخ 7\12\2009 فيما يخص افتتاح برنامج ماجستير تمريض الصحة النفسية المجتمعية الذي يدرس في الجامعة الإسلامية بالتعاون بين كليتي التمريض والتربية بالتعاون مع منظمة الصحة العالمية ووزارة الصحة الفلسطينية.وتقضي بنود الاتفاقية بالتعاون في مجال البحث العلمي، وتطوير المساقات الدراسية، وتبادل الأكاديميين والطلبة، وتشجيع الزيارات العلمية المتبادلة إلى جانب التعاون فيما يخص دعم برنامج ماجستير تمريض الصحة النفسية المجتمعية، وتوسيع الشراكة بين الكلية وجامعة أنجيل أروسكن في المجالات ذات الاهتمام المشترك .

وقعت الجامعة الإسلامية اتفاقية تعاون بينها وبين جامعة York  , بهدف تعزيز مكانة الجامعة وزيادة الفرص المتاحة للطلاب والموظفين . 18-5-2009 بحيث يتم تنظيم زيارات بين الجامعتان يقوم بها المعلمون والطلاب ، على سبيل المثال. للتدريب قصير الأجل ، وحضور دورات ومؤتمرات وحلقات العمل والحلقات الدراسيةو توفير منح ماجستير ودكتوراه .

قامت كلا من الجامعة الإسلامية وجامعة العلوم بماليزيا بتوقيع اتفاقية تعاون اكاديمي بينهما بتاريخ 12/1/2008, حيث تتضمن هذه الإتفاقية تنظيم وتسهيل التعاون بين المؤسستين في تنفيذ انشطة تعليمية وتبادل ثقافي ومجتمعي ومشاريع بحث علمي من أجل تقوية العلاقات بينهما .

تتعلق هذه الإتفاقية بتطوير وتحسين برامج التقانة الحيوية و الهندسة الوراثية في الجامعة الإسلامية بتمويل من قبل برنامج QIF المدعم من قبل البنك الدولي . ويندرج تحت هذه الإتفاقية العديد من الأنشطة من بينها :
1. تبادل أكاديمي
2. تنفيذ ابحاث علمية مشتركة
3. تطوير الخطط الدراسية
4. تبادل طلاب .